Les pratiques d'excision sont considérées comme traditionnelles dans la mesure où elles se sont installées dans un contexte animiste ou pharaonique (c’est-à-dire bien avant l'arrivée des grandes religions monothéistes dans ces contrées). D'autre part, l'excision fait souvent office de rite de passage et de reconnaissance de la petite fille dans sa société.
L’excision est actuellement défendue au nom de :
- la préservation de la virginité (considérée comme un idéal féminin au mariage),
- l’amélioration du plaisir sexuel masculin (par le rétrécissement du vagin ou de l’orifice vaginal)
- la protection contre le désir féminin (considéré comme malsain par les partisans de l’excision ou non contrôlable en cas d'absence d'excision),
- raisons hygiéniques,
- raisons esthétiques,
- patrimoine culturel ou traditionnel (initiation à l’état de femme, peur que le clitoris n'empoisonne l'homme ou l'enfant à la naissance...).
Dans de nombreux cas, on observe que les mères participent activement aux mutilations de leur(s) fille(s) dans le but d’améliorer leurs chances de faire un « bon » mariage.
Le clitoris est souvent considéré comme une imperfection de la création divine, un résidu masculin devant être ôté pour que la femme soit finie. De la même manière lacirconcision ou ablation du prépuce est censée enlever à l'homme la partie féminine restante. La psychanalyste Marie Bonaparte a écrit5 : « Les hommes se sentent menacés par ce qui aurait une apparence phallique chez la femme, c'est pourquoi ils insistent pour que le clitoris soit enlevé ».
