Ainsi, actuellement, l'essentiel des populations qui pratiquent ces mutilations sexuelles est musulman. Il existe aussi certaines communautés chrétiennes au Ghana ou au Togo qui pratiquent les mutilations sexuelles ainsi que la communauté juive des Falashas. Les sources religieuses juives et chrétiennes ainsi que le Coran ne font pas mention de cette pratique.
Cependant, l'islam peut servir de moyen de justification comme d'interdiction à la pratique de l'excision. En effet n'y a pas consensus parmi les savants6 sunnites sur le rapport entre islam et excision, leur position allant de l'obligation à l'interdiction pure et simple. En effet, si le Coran ne prescrit aucune obligation d'excision7, certains hadiths sont utilisés par les savants recommandant ou prescrivant sa pratique pour la justifier religieusement. Est notamment mentionné, le hadith rapportant que Mahomet recommanda à une exciseuse « Effleure et n’abuse pas, car cela rend le visage plus rayonnant et est plus agréable pour le mari. »8. De même, un autre hadith indique que « La circoncision est une tradition louable pour les hommes et un honneur pour les femmes. »9. Dans tous les cas, si ces hadiths permettent à certains savants de recommander ou obliger l'excision, les savants défavorables à sa pratique soulignent que les chaînes de transmissions qui soutiennent ces textes seraient trop faibles pour cautionner une pratique aussi grave, d'autant qu'aucun ne mentionne d'obligation formelle.
Une autre défense de l'excision s'appuie sur les valeurs et la culture des sociétés. Ainsi, considérer la femme comme responsable de tous les manquements à la morale et aux bonnes mœurs légitime le contrôle strict de son comportement (notamment sexuel). La littérature juridique qui parle de l'excision, sans la recommander formellement, l’évoque sous le vocable de « khafdh » ou « khifâdh » qui signifie l’affaiblissement du plaisir sexuel.
Dans le cadre islamique, la nature primordiale de l'humanité (appelée fitra) est caractérisée par les cinq éléments suivants :
- la circoncision
- le fait de se raser le pubis
- le fait de se couper les ongles
- le fait de s'épiler les aisselles
- le fait de se tailler la moustache.
De ce fait, la pratique de l'excision déjà traditionnellement installée bien avant l'arrivée de l'islam, n'a pas été remise en cause par l'adoption de cette religion.
Récemment certains responsables religieux musulmans ont innové en s'opposant franchement à l'excision.
C'est le cas par exemple au Sénégal (où des imams éduquent les populations à risque, appuient chaque argument en citant le Coran et sensibilisent aux problèmes de santé générés par l’excision) ou en Égypte (où des responsables religieux ont appelé à l’interdiction de ces pratiques et à la punition de leurs auteurs lors d'une conférence internationale sur les mutilations génitales féminines (MGF) au Caire).De plus l'islam impose une limite lorsqu'il y a un risque pour la personne concernée car Allah ( Dieu ) Dit dans le Coran :"Et ne vous jetez pas par vos propres mains dans la destruction" [ Sourate 2 , Versets 195 ]10
