En France, la clitoridectomie a été préconisée à la fin du xixe siècle par des médecins comme Thésée Pouillet (1849-1923), Pierre Garnier (1819–1901) ou Paul Broca (1824-1880) pour lutter contre l'onanisme.
Aujourd'hui l’excision constitue une atteinte à la personne. Elle entre dans le cadre des violences ayant entraîné une mutilation permanente, délit passible de dix ans d’emprisonnement et de 150 000 euros d’amende dans le cas général. Lorsque la victime est mineure de 15 ans, cela devient un crime passible de 15 ans de réclusion criminelle, 20 ans si le coupable est un ascendant légitime (Art 222-9 et 222-10 du Code pénal). Une interdiction du territoire d’une durée de cinq ans peut également être prononcée (Art. 222-47 du Code pénal).
Cependant, souvent l'excision est pratiquée lors d'un retour au pays et donc hors du territoire national. La législation française fait cependant obligation aux soignants de dénoncer toutes agressions sexuelles sur mineur. Les médecins sont tenus au signalement des cas (même potentiels) de mutilation génitales féminines, même si ces derniers sont ou devraient être effectués hors du territoire français.
